1．光和細菌中的活菌形態微細、比重小，若采用直接潑灑養殖水體的方法，其活菌不易降到池塘底部，無法起到良好的改善底環境的效果，因此建議全池潑灑光和細菌時，可以和顆粒性改底制劑合用，這樣既能將活菌迅速沉降到底部，同時顆粒性改底制劑可以起到改良池塘底部環境吸附有害元素，并可以起到降低亞硝酸鹽、氨氮、硫化氫等有害物質的作用。

2．適時使用，使用光和細菌的適宜水溫為15℃—40℃，最適宜水溫為26℃—36℃，因而宜掌握在水溫20℃以上時使用。注意陰雨天勿用。

3．與有機肥或無機肥混合使用光合細菌效果明顯，并可以防止藻類老化造成水質變壞。

4．視水質情況決定應用方法，水體肥沃時使用光和細菌可促進有機污染物的轉化，避免有害物質的累積，改善水體環境和培育天然餌料，保證水體溶氧；水瘦時應首先使用生物有機肥再使用光和細菌，這樣有利于保持菌種在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，酸性水體不利于光和細菌菌種的生長，應先施用石灰，間隔3-4天，調節PH值后再使用光和細菌。

5．避免與消毒殺菌劑混合使用，因為作為活菌，藥物對它有殺滅作用，水體使用消毒后需經過5天以后方可使用。使用光和細菌在水體中產生優勢競爭性，抑制有害菌生長。